[00741183]家兔SNP标记辅助选择育种新方法构建与示范

组建资源群，测定资源群生产性能在成都、青岛和南京3个地方分别选择天府黑兔、欧洲大白兔和福建黄兔建立"家兔SNP辅助选择育种新方法研究"资源群，测定了3个资源群亲本的繁殖性能、腹泻情况及其后代35、42、56、70和84日龄体重共30984条数据；采集了亲本、F1和F2代个体及腹泻兔的组织样本共7302份；各世代样本数均在1000只以上。估计了家兔重要经济性状的遗传参数收集4个肉兔品种的初生窝重、窝产活仔数和21日龄窝重，35、42、56、70和84日龄体重等共10676条有效数据。利用公畜-母畜动物模型，基于半同胞资料，采用aSREMl法，估计出8个性状的遗传力、5个日龄体重间的表型相关和遗传相关。研制出选留种兔的育种值综合选择指数调查全国各地近3年来肉兔生产场、育种场数据，确定了计算边际效益时所需的24个基本参数。计算了肉兔21日龄窝重（x1）和70日龄体重（x2）2个性状边际效益值，估计这2个性状的经济加权系数，基于动物模型blUP法，研制出育种值综合选择指数（I）,I=0.0983X1+0.3526X2。构建了家兔SNP位点数据库采用第二代高通量测序技术（MRNa-SEq），测定了家兔全转录组序列，经生物信息学分析，获得350G海量家兔SNP数据；选择OclN基因进行SaNGEr测序，验证了RNa-SEq鉴定SNPS的准确性极高，构建出家兔SNP位点数据库。筛选出8个可用于遗传标记辅助选择的SNP，并进行验证课题组分析研究了74个候选基因，采用HRM等分型技术检测家兔基因SNP位点基因型，筛选出与体重、抗非特异性肠炎关联显著的基因SNP，并在资源群中验证，最终获得了8个可用于遗传标记辅助选择的SNP。它们是MYF5外显子上c.708c>t、PPaRγcdS区c.207a>c、UcP2cdS区c.73G>a、GHR第三外显子c.106G>c等4个基因的SNP与体重关联显著；tlR4外显子检查到两种单倍型H1(5个SNPS为cGGaG)和H<,2>(5个SNPS为taaGa)、Myd88外显子4上c.816c>t、ccR6cdS区c.96c>t、Il-23RcdS区c.245a>G等4个基因的SNP与抗非特异性肠炎关联显著。研制出M-blUP综合选择指数利用blUP线性模型估计出GHR、MYF5、PPaRγ、UcP2基因影响肉兔56日龄体重的基因型效应值，获得各基因SNP位点的加权值，研制出M-blUP综合选择指数（II），II=0.58×PI＋0.42×(0.2257×MYF5I＋0.0569×PPaRγI＋0.3477×UcP2I＋0.3697×GHRI)。成功构建家兔SNP辅助选择育种新方法并进行验证家兔SNP辅助选择育种新方法采用两阶段选择法。第一阶段利用育种值综合选择指数初选；第二阶段，在初选的基础上，利用M-blUP综合选择指数，结合抗非特异性肠炎SNP位点终选。该方法与康大配套系培育的选种方法对比；该方法选择伊拉种兔并测定其后代性能验证；选择具有抗非特异性肠炎SNP的种兔繁殖后代，验证后代腹泻发病死亡率是否显著降低。三种方式验证结果表明该方法准确可靠。获得了授权专利7项该研究一共获得实用新型专利7项。技术经济指标应用：该方法选择的种兔，窝产活仔数平均提高1.58只，后代70日龄个体重平均增加0.24kg，腹泻死亡率平均降低52.4%；经济效益提高24.94%。应用推广及效益：技术成果在4个省的26个县共141个养兔场进行了转化应用，应用该成果选择种兔34.5万只，出栏商品兔2165.7万只，总产值100056万元，新增利润25648万元。