[00281671]基于RAD-seq开发濒危羊踯躅SSR引物的方法
交易价格：
面议
所属行业：
分析仪器
类型：
发明专利
技术成熟度：
正在研发
专利所属地：中国
专利号：CN201510007534.1
交易方式：
技术转让
技术转让
技术入股
联系人：
江西师范大学
进入空间
所在地：江西南昌市
- 服务承诺
- 产权明晰
-
资料保密
对所交付的所有资料进行保密
- 如实描述
技术详细介绍
摘要：本发明提供一种基于RAD-seq开发濒危羊踯躅SSR引物的方法。本发明包括构建羊踯躅基因组文库，经双末端测序及后续处理后获得Raw Data 7.653G，过滤后的Clean data 7.513G；利用cd-hit-est聚类软件对含有酶识别位点的reads进行聚类，将RAD测序时Reads2捕获一致的区域聚在一起；Reads2之间最多允许3个碱基的错配，通过Reads2的序列相似性把RAD-tag相近的reads聚集到一个类中，用VelvetOptimiser组装软件对筛选过后的每类测序数据进行局部组装，最终从中挑取最好的congtig用于SSR收索；contig过滤后共得到11,961个可用于之后设计SSR引物的SSR 片段；用Primer3设计SSR引物，应用本方法成功设计了11,687对SSR引物；从中随机选取60对引物对来源于不同地理分布的6份羊踯躅DNA进行多态性检测。为羊踯躅ssR引物开发提供了新思路。
摘要：本发明提供一种基于RAD-seq开发濒危羊踯躅SSR引物的方法。本发明包括构建羊踯躅基因组文库，经双末端测序及后续处理后获得Raw Data 7.653G，过滤后的Clean data 7.513G；利用cd-hit-est聚类软件对含有酶识别位点的reads进行聚类，将RAD测序时Reads2捕获一致的区域聚在一起；Reads2之间最多允许3个碱基的错配，通过Reads2的序列相似性把RAD-tag相近的reads聚集到一个类中，用VelvetOptimiser组装软件对筛选过后的每类测序数据进行局部组装，最终从中挑取最好的congtig用于SSR收索；contig过滤后共得到11,961个可用于之后设计SSR引物的SSR 片段；用Primer3设计SSR引物，应用本方法成功设计了11,687对SSR引物；从中随机选取60对引物对来源于不同地理分布的6份羊踯躅DNA进行多态性检测。为羊踯躅ssR引物开发提供了新思路。
