本发明公开了一种海洋内生真菌生产生物碱类物质FC的发酵方法,包括:将海洋来源内生真菌CY018(Aspergillusfumigatus)接种于发酵培养基中进行发酵培养,且在发酵过程中对通气和搅拌进行两阶段控制,同时,在整个发酵过程中采用流加酸的方法维持发酵液pH值的稳定,以及通过流加前体物溶液促进FC(FumigaclavineC)合成;作为较为优选的方案,所述两阶段控制包括:发酵0~96h,通气量为4.0~6.0L/min,搅拌速率为300~500rpm;发酵96~264h,通气量为0.6~2.0L/min,搅拌速率为50~150rpm。本发明工艺操作简便,能耗低,同时能显著提高海洋来源内生真菌CY018中生物碱类物质FC的产量,较原始水平提高了6.9倍,具有广阔的应用前景。