本发明公开了一种新型杂化纳米磷酸钙基因递送系统以及其制备方法,该基因递送系统包括磷酸钙及PEG接枝羧甲基壳聚糖,磷酸钙包裹基因形成内核,PEG接枝羧甲基壳聚糖包覆于内核表面,PEG链段形成亲水性外壳,从而形成具有PEG化核壳结构的纳米粒子,该纳米粒子的粒径为60~100nm。本发明的新型杂化纳米磷酸钙基因递送系统,在制备过程中无需使用有机溶剂、表面催化剂,过程简单可控,经济成本低,重复性好,适合于大规模生产,毒性低,转染效率高。另外,本发明还涉及制备该基因递送系统的试剂盒,以及本发明基因递送系统的体内外基因转染与基因治疗的用途。