本发明涉及一种用于以液体为燃料的燃料电池系统的燃料浓度控制方法,同时利用温度和浓度传感器,通过控制电路输出的脉冲信号控制燃料补充控制部件的动作,从而控制系统中电堆阳极入口处的燃料进料浓度。在系统启动阶段和稳定运行阶段,控制电堆阳极入口处的燃料浓度设定值分别为CS1和CS2,且CS1>CS2。该方法不仅实现了系统的高浓度燃料(纯燃料)进料,减小了系统的体积,缩短了系统的启动时间。此外,控制电路采用脉冲信号控制燃料补充控制部件周期性间歇式的动作,解决了浓度传感器响应信号滞后以及高浓度燃料在系统内稀释不均匀的问题。本发明所述方法具有易于实现、精确度高、性能可靠等优点。