本发明公开了一种基于疏水芯片的多重PCR方法,它包括如下步骤:(1)对基片表面进行疏水处理,至基片表面的疏水角在100°以上;(2)将一种以上PCR体系施加到所述基片表面,形成包含复数个阵点的点阵,其中每一个阵点包含一独立PCR反应体系;(3)以不易挥发且不与所述PCR体系反应的物质包裹各独立PCR反应体系,并在设定条件下进行PCR反应。本发明疏水芯片易于构建,原料获取方便、成本低廉、且将多重PCR体系施加到疏水芯片上时没有特定位置的限定,无需对准,反应和检测设备均可借助常用设备实现,且在应用时样品用量少、检测效率高。