技术详细介绍
辣椒单倍体育种的关键是实现小孢子胚胎发生,而小孢子胚胎发生的关键的是诱导小孢子进入孢子体发育途径。热激是辣椒单倍体培养普遍采用的诱导方式,在热激诱导下小孢子在生理生化及分子水平发生了哪些变化,至今仍不明确。本研究以易出胚辣椒基因型‘晋椒203’为材料在热激诱导0 d,3 d,7 d分别取样,完成了9个样品的转录组分析,共获得67.20Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.55Gb,Q30碱基百分比在92.91%及以上。分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从49.03%到90.18%不等。基于比对结果,进行可变剪接预测分析、基因结构优化分析以及新基因的发掘,发掘新基因5,115个,其中3,650个得到功能注释。基于比对结果,进行基因表达量分析。根据基因在不同样品中的表达量识别差异表达基因,并对其进行功能注释和富集分析,发现一系列差异表达基因参与植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢这2个通路中,它们在小孢子胚胎发生早期占有非常重要的地位。今后可进一步筛选代谢通路上的关键基因进行深入地功能研究。
辣椒单倍体育种的关键是实现小孢子胚胎发生,而小孢子胚胎发生的关键的是诱导小孢子进入孢子体发育途径。热激是辣椒单倍体培养普遍采用的诱导方式,在热激诱导下小孢子在生理生化及分子水平发生了哪些变化,至今仍不明确。本研究以易出胚辣椒基因型‘晋椒203’为材料在热激诱导0 d,3 d,7 d分别取样,完成了9个样品的转录组分析,共获得67.20Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.55Gb,Q30碱基百分比在92.91%及以上。分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从49.03%到90.18%不等。基于比对结果,进行可变剪接预测分析、基因结构优化分析以及新基因的发掘,发掘新基因5,115个,其中3,650个得到功能注释。基于比对结果,进行基因表达量分析。根据基因在不同样品中的表达量识别差异表达基因,并对其进行功能注释和富集分析,发现一系列差异表达基因参与植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢这2个通路中,它们在小孢子胚胎发生早期占有非常重要的地位。今后可进一步筛选代谢通路上的关键基因进行深入地功能研究。